Klasse 2000 gehört zu den wenigen Präventionsprogrammen, die einen fundierten Wirkungsnachweis erbringen konnten. Seit 2009 liegt folgende Längsschnittstundie vor:
Finanziert durch die AOK Hessen führte das Institut für Therapie- und Gesundheitsforschung IFT Nord von 2005 bis 2008 eine vierjährige Studie über die Wirkung von Klasse 2000 durch: Befragt wurden 65 Klassen aus Hessen, die bei Klasse 2000 mitmachen: Lehrkräfte, Schulleitungen und ab der 3. Klasse auch die Kinder selbst. Die Antworten dieser Gruppe wurden verglichen mit denen einer Kontrollgruppe, d.h. mit 54 Klassen, die sich nicht an dem Programm beteiligen. Gefragt wurde nach den Auswirkungen von Klasse 2000 auf die Kinder, auf die gesamte Klasse und auf die Struktur der Schule. Die Ausgangsbedingungen der Klasse 2000-Kinder waren schlechter: der Anteil der Kinder mit Migrationshintergrund war höher als der in den Kontrollklassen, es fanden sich mehr Verhaltensauffälligkeiten und geringere soziale Kompetenzen.
Am Ende der Grundschulzeit zeigte sich ein anderes Bild:

• Problematische Verhaltensweisen nahmen bei den Klasse 2000-Kindern in der Tendenz stärker ab als in den Kontrollklassen, so dass Eingangsunterschiede verringert oder abgebaut werden konnten. Diese Abnahme zeigt sich in den Verhaltensbereichen "Mangelndes Selbstwertgefühl" und "Stress und körperliche Beschwerden".
• Klasse 2000-Kinder verfügen über ein größeres Gesundheitswissen als die Kinder der Kontrollklassen.
• In der 3. und 4. Klasse schätzen die Kinder der Klasse2000-Klassen die Möglichkeit, selbst etwas für die eigene Gesundheit tun zu können höher ein als die Kinder der Kontrollklassen.
• Besonders erfreulich, gerade zu den Daten zu Alkohol und Rauchen: Die Klasse 2000-Kinder beginnen seltener mit dem Konsum von Alkohol und Nikotin.
• Das Klassenklima in den Klasse 2000-Klassen entwickelte sich sowohl aus der Sicht der Lehrkräfte als auch aus der Sicht der Kinder positiver als in den Kontrollklassen.
• Schulleiter berichten über positive Auswirkungen von Klasse 2000 auf die gesamte Schule. Das Programm trug an jeder zweiten Schule dazu bei, weitere Maßnahmen zur Gesundheitsförderung zu initiieren.